Česká onkologická společnost ČLS ČOS úzce spolupracuje s dalšími odbornými společnostmi, skupinami a pracovišti. Spolupráce má podobu společné tvorby doporučených postupů léčby, účasti zástupců jiných společností na schůzích výboru, společné organizace odborných akcí a dalších společných aktivit. Výbor ČOS velmi dobře spolupracuje s výborem SROBF, Českou chirurgickou, urologickou, gastroenterologickou i s ostatními odbornými společnostmi, v jejichž náplni je prevence, diagnostika a léčba nádorů. Výbor podporuje rozvoj paliativní medicíny u nás s ohledem na potřeby onkologicky nemocných, úzce spolupracuje s Českou společností paliativní medicíny ČLS JEP.
ČOS také spolupracuje s praktickými lékaři a s řadou pacientských organizací, především v oblasti onkoprevence včasné diagnostiky onkologických onemocnění a screeningů. V neposlední řadě je třeba zmínit spolupráci s vedoucími Komplexních onkologických center, se zástupci plátců péče, MZČR, Ústavem zdravotnických informací a statistiky ČR, Českou lékařskou komorou a Státním ústavem pro kontrolu léčiv.
Postupně se daří zlepšovat propagaci pozice a výsledků české onkologie v zahraničí. Výbor spolupracuje s WHO, ESMO, EORTC, UICC i dalšími mezinárodními organizacemi.
