Sekce Onkochirurgie pracovala v letech 2000-2016. Na podzim 2016 byla Sekce onkochirurgie při ČOS výborem ČOS zrušena. Onkochirurgové nadále pracují v Sekci onkochirurgie při České chirurgické společnosti.
Hlavními cíli sekce onkochirurgie bylo působit na pomezí onkologie a chirurgie a přispívat tak k součinnosti a komunikaci mezi oběma obory. Dosáhnout uznání onkochirurgie jako profilace erudovaného chirurga v rámci své specializace v České onkologické a v České chirurgické společnosti, formálně uznaného či neformálně fundujícího v postavení ordináře pro onkochirurgii. Posílit roli chirurga v multidisciplinární spolupráci s přínosem pro všechny zúčastněné obory a zejména pro chirurgicky léčené nemocné.
Dne 20. září 2016 byla na návrh prof. Žaloudíka Sekce onkochirurgie při ČOS výborem ČOS zrušena. Onkochirurgové nadále pracují v Sekci onkochirurgie při České chirurgické společnosti, o jejíž existenci rozhodl výbor České chirurgické společnosti dne 14.9. 2016.