Dávka léků, popřípadě dávka záření, kterou je nemocnému možno podat je omezena nežádoucími účinky léčby, taková dávka však nemusí dostačovat ke zničení nádoru. Mezi nejdůležitější nežádoucí účinky patří útlum krvetvorby (viz krevní obraz). Při transplantační léčbě se používají vysoké dávky chemoterapie (popřípadě celotělové ozáření), kromě nádorových buněk jsou ale zcela zničeny i krvetvorné buňky, které je nutno nahradit transplantací. K transplantaci se používá buď kostní dřeň, nebo periferní kmenové buňky (kmenové buňky z periferní krve, anglicky peripheral blood stem transplant - PBSC) – krvetvorné buňky, které se (po podání speciálních léků) dostávají do krve, odkud jsou získávány na separátoru. U některých hematologických nádorů jsou v kostní dření a krvi i nádorové buňky, je tedy nutno použít dřeň/kmenové buňky od cizího dárce (alogenní transplantace). V takovém případě je nutno dárce pečlivě vybrat, aby se buněčné znaky dárce a příjemce v maximální možné míře shodovaly (jinak hrozí tzv. reakce štěpu proti hostiteli). U některých nádorů (lymfomů, myelomu) je možné zpravidla použít vlastní buňky (autologní transplantace) odebrané před léčbou, ideální je transplantace buněk od jednovaječného dvojčete. Výhodou je, že v obou případech nehrozí reakce štěpu proti hostiteli. Než dojde o obnově krvetvorby, hrozí nemocnému vznik infekce a pacient proto musí být v izolačním prostředí.
Na rozdíl od transplantace orgánů (chirurgický výkon) se kmenové krvetvorné buňky podávají formou nitrožilní infúze.
Více v článku Transplantace krvetvorných buněk
