Buňky a jejich části nejsou při mikroskopickém vyšetření dobře patrné, pokud nejsou předem obarveny. Základní barvení se prování dvěma látkami - hematoxylinem a eozinem (HE). V závislosti na chemické struktuře se jednotlivé části buněk barví jednou či druhou látkou, tyto struktury pak podle toho označujeme jako eozinofilní (oxyfilní) - zbarveno dočervena, nebo bazofilní - zbarvené domodra. Například eozinofilní, bazofilní a neutrofilní (nezbarvená) granula bílých krvinek - granulocytů