In situ hybridizace je speciální histologická metoda, hodnotící počet kopií specifického genu v buňce.
V lidských buňkách je 23 párů chromozómů, na každém z nich je pak specifická sada genů. Určitý gen je zpravidla na příslušném chromozomu v jedné kopii, v buňce jsou tedy dvě kopie genu. V nádorové buňce může dojít ke zvýšení počtu kopií genu. Takový stav se nazývá amplifikace a může vést k mnohonásobně vyšší syntéze (overexpresi) bílkoviny, což může souviset např. s růstem nádorové buňky ap.
Ke zvýšení počtu kopií genu může dojít též při zvýšení počtu celých chromozomů (polysomie)
Dle způsobu barvení se rozeznává fluorescenční in situ hybridizace (FISH), chromogenní in situ hybridizace (CISH) a in situ hybridizace s barvením stříbrem (silver - SISH)
Pokud není počet kopií hodnoceného genu (významně) zvýšen, je vyšetření ISH hodnoceno jako negativní, při zvýšeném počtu kopií genu jako pozitivní.
Vyšetření se provádí, pokud je jeho výsledek významný pro prognózu onemocnění a/nebo pro nasazení specifického léku. Hodnotí se např. ALK; HER2, ROS1
Viz též imunohistochemie (IHC)