Antigen je jakákoliv molekula, která je schopna vyvolat imunitní odpověď, tedy obrannou reakci organizmu. Patří sem bílkoviny na povrchu baktérií, virů a jiných infekčních organizmů nebo na cizích transplantovaných buňkách. Antigenem může být i složitější chemická látka, která se přirozeně nevyskytuje v organizmu.
Molekuly na povrchu vlastních buněk imunitní odpověď nevyvolávají, výjimkou jsou případy, kdy je struktura molekuly pozměněna při mutaci genu, což může nastat u některých nádorů.
Při transplantaci orgánů nebo krvetvorných buněk se stanovuje soubor transplantačních antigenů (HLA)
CD antigeny (označené písmeny CD plus číslem) jsou antigeny specifické pro jednotlivé typy buněk nebo pro jejich jednotlivá vývojová stádia. Používají se především k rozlišení krevních a imunitních buněk včetně nádorů z těchto buněk vycházejících (leukémie a lymfomy).
Jako antigeny jsou označovány též (složité) molekuly na povrchu buněk, které lze detekovat prostřednictvím diagnostických protilátek (imunohistochemie). Jsou to například některé receptory nebo CD antigeny (biomarkery).
Na některé tyto antigeny přítomné na nádorových buňkách jsou cíleny i léčebné monoklonální protilátky.
