Transplantace jater je indikována, jestliže se dá očekávat, že významně prodlouží život pacienta a zlepší jeho kvalitu. Hlavní indikací je selhání jater při chronickém jaterním onemocnění (nejčastěji ve stádiu cirhózy jater- tedy závažné vazivové přestavby jater) nebo při akutním selhání jater (např.po otravě toxickou látkou). Ve zvláštních případech se transplantace jater též provádí u nádorového onemocnění, které postihuje pouze játra a kde je vědeckými studiemi doloženo, že ve většině případů po transplantaci nedojde k návratu nádorového onemocnění a přežití pacienta se významně prodlouží. Vhodnost a proveditelnost transplantace jater posuzuje multidisciplinární komise, složená z chirurgů, hepatologů a dalších odborníků.Tato komise posoudí, jaká jsou rizika a jaký benefit by měla transplantace u potenciálního kandidáta a podle toho pacienta doporučí nebo nedoporučí k transplantaci.