Jednou z negativních stránek konkomitantní chemoradioterapie může být neúměrné zvýšení toxicity kombinované léčby na zdravé tkáně. Kombinovaná chemoradioterapie může způsobit větší poškození normálních tkání ve srovnání s vedlejšími účinky při aplikaci jen jedné složky léčby. Zvýšení poškození je výsledek aditivního efektu obou modalit v určité tkáni nebo následkem poškození více tkání v jednom orgánu.
Indikace chemoradioterapie musí být proto zvažována pečlivě, odpovědně a individuálně s přihlédnutím k celkovému stavu pacienta a k jeho interkurentním chorobám.
Zvýšení míry rizika vedlejších účinků radiochemoterapie musí být zdůvodněno očekávaným lepším léčebným efektem vůči aplikaci "jednodušších" způsobů onkologické léčby (např. proti použití monoterapie zářením nebo chemoterapií). Z tohoto hlediska je nutné, aby konkomitantní chemoradioterapii provádělo pracoviště se zkušenostmi s tímto typem léčby. Také ekonomická nákladnost léčby častějších těžších vedlejších reakcí (leukopenie, trombocytopenie, mukositida, průjem) kombinované terapie může být neúměrná míře terapeutického zisku.
