VYŠETŘENÍ HEREDITÁRNÍ PREDISPOZICE K NÁDOROVÉMU ONEMOCNĚNÍ POMOCÍ NGS TECHNOLOGIE

Východiska:

Během posledních 20 let bylo dosaženo významných pokroků v oblasti odhalování genetické příčiny, dědičné predispozice, ke vzniku nádorového onemocnění a bylo již popsáno více než 200 dědičných nádorových syndromů.

Materiál a metody:

NGS analýza je prováděna u DNA pacientů s vysoce rizikovou osobní a rodinnou onkologickou anamnézou bez detekované mutace v BRCA, TP53 nebo HNPCC genech. V roce 2014 byly v laboratoři testovány dva alternativní postupy technologie sekvenování nové generace (NGS – next generation sequencing) na platformě MiSeq (Illumina). 49 vzorků DNA bylo vyšetřeno pomocí komerčně dostupného TruSight Cancer Target Genes panelu (Illumina), jehož principem je tagmentace genomické DNA a enrichment/ hybridizační postup, kdy jsou získány sekvence 94 genů, které v mutovaném stavu navyšují riziko vzniku nádorového onemocnění. Osm vzorků DNA bylo vyšetřeno postupem NimbleGen – Sequence Capture EZ Choice (Roche), jehož principem je fragmentace genomické DNA sonikací (Covaris) a enrichment/ hybridizační postup (KAPA Library Preparation Kit > Double Capture protocol). SeqCap EZ Choice postup umožňuje výběr analyzovaných genů, kde jsme si navolili panel 54 genů významných pro klinicky podchytitelné nádorové syndromy.

Výsledky:

NGS vyšetření odhalilo rizikové patogenní mutace v genech BAP1, ATM, ERCC2, PALB2, RAD51C, BRIP1, FANCA, FANCI, SDHB, PMS2 a dalších. Patogenní mutace zachycené pomocí NGS jsou ověřovány Sangerovým sekvenováním. Z hlediska diagnostiky je nevýhodou TruSight panelu nerovnoměrné pokrytí v zastoupení sekvenovaných úseků. Sekvence některých oblastí jsou zastoupeny více než v 1 000 pokrytí, zatímco v jiných dochází až k výpadkům sekvenovaných úseků. NGS umožňuje významné rozšíření spektra analyzovaných genů, což představuje výzvu pro zajištění odpovídajícího preventivního sledování a léčebných postupů u osob v riziku. Umožňuje identifikovat příčinné mutace nejen ve vysoce rizikových genech, ale také řadu dalších – středně rizikových mutací, které mohou ve vzájemných kombinacích výrazně navyšovat relativní riziko nádorové predispozice. Je zapotřebí úzká spolupráce onkologů, genetiků, molekulárních biologů a bioinformatiků, aby bylo možné plně využít potenciálu NGS technologií v běžné diagnostické praxi a preventivní personalizované onkologii.

Podpořeno MZ ČR – RVO (MOÚ, 00209805); výzkumný projekt MŠMT CR CZ.1.07/ 2.3.00/ 20.0045 (SuPReMMe).