VLIV LÉČBY PREDNISOLONEM NA TRANSKRIPTOMOVÉ PROFILY U DĚTÍ S AKUTNÍ LYMFOBLASTICKOU LEUKEMIÍ

Úvod a cíle:

Akutní lymfoblastická leukemie (ALL) u dětí je dnes již dobře léčitelnou hematologickou malignitou. Přesto asi v 10 % případů dochází ke špatné odpovědi na léčbu kortikosteroidy, které mají za úkol snížit počet leukemických blastů v první fázi léčby. Za tímto účelem jsou nejčastěji užívány prednisolon a dexametazon. Špatná odpověď na léčbu v této fázi je pak spojena s horší prognózou. Cílem studie je identifikace molekulárních mechanizmů a expresních profilů souvisejících se špatnou odpovědí na terapii prednisolonem.

Metody a pacienti:

Pro transkriptomové sekvenování bylo vybráno 20 vzorků celkové RNA izolované z kostní dřeně 10 pacientů (jeden vzorek před a jeden po osmi dnech léčby prednisolonem) na základě dostatečné kvality a koncentrace (stanoveno pomocí NanoDrop 1000 a Agilent Bioanalyzer 2100). Osm pacientů mělo dobrou (PGR) a dva špatnou odpověď (PPR) na prednisolon, všichni pacienti trpěli stejnou formou leukemie - cALL (common ALL). cDNA knihovny pro RNA-seq byly připraveny podle TrueSeq Stranded mRNA (Low Sample) Protocol (Illumina) a samotná sekvenace byla provedena na přístroji HiSeq 2500 (Illumina). Zpracování dat bylo provedeno pomocí softwarů TopHat2 (alignment), HTSeq (kvantifikace pokrytí) a DESeq2 (normalizace).

Výsledky a závěry:

Největší množství změn bylo identifikováno mezi skupinami PPR a PGR po osmi dnech léčby. Daleko méně změn bylo zachyceno mezi PPR a PGR před léčbou (asi 140 signifikantně diferenciálně transkribovaných genů). Nejmenší množství genů se změnou v expresi bylo zaznamenáno u PPR před a po léčbě (asi 25 genů). Komplexní analýzu komplikovalo rozdílné zastoupení leukemických blastů u jednotlivých pacientů a některé rozdílné molekulární charakteristiky (fúzní geny, cytogenetika).

Finančně podpořeno granty IGA LF UP 2016_10, TAČR TE02000058 a NPU LO 1304.