Konference: 2016 XL. Brněnské onkologické dny a XXX. Konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky
Kategorie: zhoubné nádory mozku a CNS
Téma: XXVI. Nádory nervového systému
Číslo abstraktu: XXVI/210
Autoři: Zuzana Šporiková; Mgr. Magdalena Houdová Megová ; Mgr. Kateřina Štaffová; MUDr. Josef Srovnal, Ph.D.; Miroslava Rabčanová; Mgr. Jana Vrbková, Ph.D.; Mgr. Jana Potočková; RNDr. Radek Trojanec, Ph.D.; MUDr. Lucie Tučková; doc. MUDr. Marián Hajdúch, Ph.D.
Úvod:
Pro glioblastom multiforme (GBM) je typický rys extrémní agresivita. Průměrná doba přežití těchto pacientů je odhadována na 12,6 měsíce a míra přežití je pouze pět let u více než 90 % těchto pacientů. I přes tyto vlastnosti se doposud nepodařilo nalézt vhodné prognosticko prediktivní markery, které by pomohly specifikovat gliomagenezi a následně nalézt vhodný přístup léčby těchto pacientů. Současná literatura popisuje některé změny spojované s lepší odpovědí (co-gain 19/20), avšak doposud byly majoritně popsány negativní prognostické faktory (delece 9p, ztráta chromozomu 10, amplifikace genu EGFR1, ...). Cílem naší práce je nalézt pozitivní prognostické faktory pacientů, u kterých došlo k rekurenci nádoru. Pomocí technologie OncoScan® FFPE AssayKit byla provedena genomová komparace primárního a rekurentního GBM. OncoScan® FFPE AssayKit je optimalizován na celogenomový screening počtu kopií, ztráty heterozygotnosti a detekci somatických mutací u vysoce degradovaných FFPE (formalinem fixovaných a parafinem zalitých) vzorků. Tato platforma je založena na technologii „molecular inversion” próbě a čip obsahuje sondy o délce pouze 40 bp, což umožňuje screening vysoce degradované DNA u FFPE vzorků. Další výhodou je nízké celkové množství DNA použité do reakce (uvedeno ≤ 80 ng na reakci; bylo ověřeno, že postačí i 33 ng). Naše studie poskytuje unikátní analýzu primárního a rekurentního GBM 27 párových vzorků pacientů vyšetřených jednou z nejnovějších čipových technologií na trhu.
Materiál/ metodika:
Čipová technologie OncoScan byla použita pro analýzu 27 párových vzorků pacientů s primárním nádorem GBM a jeho rekurencí. Tyto párové FFPE vzorky byly vyizolovány pomocí QIAmp DNA FFPE Tissue Kitu. Koncentrace DNA byla adjustována dle návodu a následovala třídenní procedura podle manuálu přiloženého u OncoScan Kitu.
Výsledky a závěr:
Získané CEL files byly statisticky zpracovány a výsledné heatmapy budou prezentovány a okomentovány v posteru.
Podpořeno: NT 13581; TE02000058; IGA UP LF2015-10; CZ.1.05/2.1.00/01.0030.
Datum přednesení příspěvku: 28. 4. 2016
