Nádorová genomika nebo proteomika? Možnosti a limitace obou metod

Proteomika je celosvětově jednou z nejrychleji se rozvíjejících technologií nezbytnou pro pochopení genetické informace získané sekvenováním řady genomů včetně genomu člověka. Naše pracoviště se dlouhodobě zabývá vývojem protinádorových léčiv, identifikací jejich mechanizmů účinku a hledáním prognostických a prediktivních markerů nádorových onemocnění na genomické i proteomické úrovni. V letošním roce jsme řešili dilema, kterou z těchto technologií pro další směrování výzkumu na našem pracovišti upřednostníme a finálně jsme se rozhodli pro proteomiku a pořizujeme MALDITOF hmotnostní spektrometr s možností klinické proteomiky a zejména MALDI-Imagingu. Důvody byly zejména v lepší možnosti studia nádorových biomarkerů, analýzy post-translačních modifikací, jmenovitě fosforylací, acetylací a glykosylací, případně i jiných zajímavých modifikací u konkrétních proteinů. Nicméně genomické technologie poskytují v současnosti komplexnější pohled na expresní profil nádorové buňky a umožňují profilování i z minimálního množství biologického materiálu díky možnostem lineární amplifikace DNA/RNA. V našem krátkém sdělení budeme diskutovat výhody a nevýhody obou technologií v klinickém onkologickém výzkumu a demonstrovat je na vlastních výsledcích.
Práce na tomto projektu je podporována granty MSM6198959216, GAČR 301/05/0418, NR/9076 a FT-TA/027.