Mapování delecí na chromozomu 14 u pacientů s chronickou lymfatickou leukemií (CLL) metodou arrayCGH

Podle Knudsonova modelu vzniku nádorů představují delece jednu ze dvou událostí vedoucích k inaktivaci tumor supresorových genů (TSG). Ztráty chromozomálních oblastí jsou spojovány s delecemi TSG,které jsou v těchto oblastech často lokalizovány. Nejznámějšími příklady jsou delece TSG: p15/p16 (9p), ATM (11q), Rb (13q) a p53 (17p). K identifikaci potenciálních TSG v často deletovaných oblastech na chromozomu 14 u pacientů s CLL a dalšími B-buněčnými malignitami, jsme použili array komparativní genomickouhybridizaci(arrayCGH).Vyšetřili jsme 33 případů s cytogeneticky nebo molekulárně cytogeneticky detekovavanými delecemi 14q. Array CGH čip byl sestaven z 838 BAC/PAC klonů (Chori 32K set), které pokrývají chromozom 14q s rozlišením přibližně 42 kb. Pro přípravu čipu byla vyizolována BAC/PAC DNA, amplifikována pomocí DOP PCR a natištěna na CodeLink skla (Amersham Biosciences) podle postupu popsaného Fiegler et al., 2003. Pro přípravu sondy byla DNA pacientů a referenční DNA značena fluorochromy Cy3-/5-dCTPs (Amersham Biosciences) metodou random priming (Invitrogen). Příprava sondy a hybridizace byla prováděna podle standardních postupů. Nahybridizovaná skla byla skenována skenerem GenePix 4000B (Axon), analýza obrazu a dat byla prováděna pomocí softwaru GenePix Pro 6.0 a Excel (Microsoft Inc.).
Výsledky arrayCGH prokázaly delece u 24 pacientů a potvrdily tak předchozí cytogenetická a FISH (fluorescenční in situ hybridizace) data. Metodou arrayCGH byly prokázány dva typy intersticiálních delecí 14q:

1. U 15 pacientů byla nalezena distální delece zahrnující konstantní oblast genu pro těžký řetězec imunoglobulinu (IGHC) v oblasti 14q32. 8 pacientů z této skupiny mělo deletovanou přesně stejnou oblast. Ve zbývajících 7 případech s delecí IGHC oblasti se velikost deletované oblasti lišila. Opakující se výskyt delecí 14q postihující IGHC nás vedl k hypotéze, že by tyto aberace mohly představovat nový typ kryptické translokace 14q32, která přesunuje neznámé onkogeny do blízkosti transkripčně aktivních regulatorních oblastí IGH genu. V současnosti probíhá analýza kandidátních genů lokalizovaných v blízkosti zlomových míst deletovaných oblastí.
2. U 9 pacientů byly nalezeny proximální překrývající se delece. Nejmenší společná deletovaná oblast (SCDR) je velká 3,5 Mb a je lokalizována v oblasti 14q24. V současné době vyšetřujeme další pacienty s cílem upřesnit identifikovanou SCDR oblast a analyzovat vybrané potenciální TSG.

Práce je podporována grantem Česko-vlámská spolupráce ve výzkumu a vývoji: 1-2006-29, Belgium Research Foundation, BIL12/The Czech Republic