Expresní čipy, Array CGH, CHIP-chip a vliv kvality vzorku.

V posledním desetiletí je zřejmé, že pokrok v technologii DNA čipů je obrovský. Rozlišení v kterém jsou nanášeny jednotlivé sondy na čip se stále zvyšuje a roste i počet organismů pro které jsou k dispozici čipy pokrývající celý jejich genom. Díky stále se rozšiřujícímu spektru výrobců čipů, tak dnes můžeme, například u expresních čipů pokrývajících celý humánní genom, volit mezi platformami firem Affymetrix, Illumina, Agilent, Operon, PhalanxBiotech, Mediante, Nimblegen. Tak, jak se zdokonalují čipy, se stabilizují i postupy značení, hybridizace a promývání. Klíčovým ukazatelem určujícím úspěšnost experimentu je tedy dostatek kvalitního vzorku. V naší krátké prezentaci ukážene vliv kvality vzorku na data získaná z expresního čipu PhalanxBiotech. Sledovali jsme vliv integrity vyjádřené jako RIN na expresy housekeeping genů -Lysosomal-associated membrane protein 1, Calnexin,Ubiquitin specific protease 11, Damage-specific DNA binding protein 1, Ubiquitin-activating enzyme 28, Tripartite motif-containing 28, Actin Binding LIM protein 1.

Jako ukázku high-density arrayí bychom rádi prezentovali i data z array CGH a CHIP-chip experimentů zaměřených na promotorovou oblast lidského genomu.

Práce na tomto sdělení je podporována grantem MSMT NPV II.