Diagnostika somatických mutací v éře NGS

Do diagnostiky somatických mutací se kromě zavedených technologií, jako je hybridizace nebo RT-PCR, začínají prosazovat nové technologie. Kromě digitální PCR je to pak zejména NG S, která umožňuje hluboké sekvenování vybraných úseků genů či celých genů. Dostupná NG S řešení umožňují provádět rutinní diagnostiku a v případě využití rozšířených panelů i studie zaměřené na nové potenciální cíle. Představujeme řešení firmy Multiplicom, která nabízí diagnostické kity CE IVD s použitím na sekvenátoru MiSeq Illumina.

Multiplicom nabízí panely pro diagnostiku somatických mutací jak z biopsií, tak i z parafinových řezů. Panel SOMATIC1 zahrnuje geny KRA S, NRA S a BRA F. Jedná se o triplex, ale panel lze rozdělit a pak diagnostikovat zvlášť plex 1 (KRA S, NRA S aE15 BRA F) a plexy 2 a 3 (BRA F). Pro nemalobuněčné karcinomy plic je pak určen kit EG FR (exony 18–21). Panel GI ST pro diagnostiku gastrointestinálního tumoru pak cílí na geny cKit a PDG FR-α. Celé řešení je založeno na dvou PCR reakcích. Výhodou je možnost panely kombinovat a sekvenovat vše v jednom běhu.

U diagnostiky somatických mutací je důležitá citlivost metody. U technologie NG S dosahujeme požadované citlivosti pomocí vysokého počtu čtení. Kapacita sekvenátoru MiSeq nám v kombinaci s volbou vhodného sekvenačního čipu umožní dosáhnout ekonomicky rozumné ceny v závislosti na počtu vzorků a počtu a velikosti sekvenovaných genů.