Konference: 2006 2. ročník Dny diagnostické, prediktivní a experimentální onkologie
Kategorie: Zhoubné nádory prsu
Téma: Nádorová genomika a proteomika
Číslo abstraktu: 050
Autoři: Mgr. Kristýna Brožková; Ing. Dana Knoflíčková; Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D.; J. Faitová; MUDr. Rudolf Nenutil, CSc.; RNDr. Bořivoj Vojtěšek, DrSc.
S rozvojem moderních metod dochází k rozvoji
personalizované medicíny umožňující přesnější diagnostiku,
nejvhodnější výběr terapie, sledování průběhu onemocnění či brzké
zachycení relapsu. Znalost kompletní sekvence lidského genomu
umožňuje předpovědět dispozice k určitému onemocnění, ale teprve
rozšíření na funkční jednotky – proteiny – poskytuje komplexní
obraz stavu daného jedince.
Technologie Ciphergen® založená na principu SELDI-TOF MS (Surface Enhanced Laser Desorption/Ionisation Time of Flight Mass Spectrometry) umožňuje rychlou a efektivní analýzu komplexních proteinových směsí (moč, sérum/plazma, tkáňový lyzát). Část proteinů selektivně interaguje s chromatografickým sorbentem ukotveným na povrchu čipu a následně je analyzována metodou hmotnostní spektrometrie. Specifická interakce je založena buď na principu chemickém (iontoměniče, chelatační povrchy, hydrofóbní povrchy aj.) či biochemickém (vazba na specifický ligand v podobě oligonukleotidu, protilátky, receptoru apod.). Takto získaná proteinová spektra jsou pak vyhodnocována statistickým softwarem.
V první fázi celé studie jsme optimalizovali lyzi tkáně, povrch čipu a nastavení měření. Poté jsme provedli analýzu 110 vzorků nádorové tkáně pacientek s diagnosou karcinomu prsu a 110 odpovídajících vzorků zdravé tkáně prsu. Celý soubor je charakterizován na běžně stanovované klinické znaky spojené s danou diagnosou. Po optimalizaci vyhodnocovacího postupu byly hledány oblasti hmotností se statisticky významným rozdílem podle několika kritérií: morfologie, statutu estrogenních receptorů, progesteronových receptorů a dalších. Na základě statistických hodnocení byly pak vybrány některé píky k následné identifikaci (např. zvýšení v normální tkáni v oblasti 7920 Da či zvýšení v nádorové tkání v oblasti 8541 Da), která by mohla umožnit výběr aberantně exprimovaných proteinů a jejich další funkční studie.
Tato práce byla sponzorovaná granty IGA MZ CR NR/8338-3/2005 and MZO 00209805.
Technologie Ciphergen® založená na principu SELDI-TOF MS (Surface Enhanced Laser Desorption/Ionisation Time of Flight Mass Spectrometry) umožňuje rychlou a efektivní analýzu komplexních proteinových směsí (moč, sérum/plazma, tkáňový lyzát). Část proteinů selektivně interaguje s chromatografickým sorbentem ukotveným na povrchu čipu a následně je analyzována metodou hmotnostní spektrometrie. Specifická interakce je založena buď na principu chemickém (iontoměniče, chelatační povrchy, hydrofóbní povrchy aj.) či biochemickém (vazba na specifický ligand v podobě oligonukleotidu, protilátky, receptoru apod.). Takto získaná proteinová spektra jsou pak vyhodnocována statistickým softwarem.
V první fázi celé studie jsme optimalizovali lyzi tkáně, povrch čipu a nastavení měření. Poté jsme provedli analýzu 110 vzorků nádorové tkáně pacientek s diagnosou karcinomu prsu a 110 odpovídajících vzorků zdravé tkáně prsu. Celý soubor je charakterizován na běžně stanovované klinické znaky spojené s danou diagnosou. Po optimalizaci vyhodnocovacího postupu byly hledány oblasti hmotností se statisticky významným rozdílem podle několika kritérií: morfologie, statutu estrogenních receptorů, progesteronových receptorů a dalších. Na základě statistických hodnocení byly pak vybrány některé píky k následné identifikaci (např. zvýšení v normální tkáni v oblasti 7920 Da či zvýšení v nádorové tkání v oblasti 8541 Da), která by mohla umožnit výběr aberantně exprimovaných proteinů a jejich další funkční studie.
Tato práce byla sponzorovaná granty IGA MZ CR NR/8338-3/2005 and MZO 00209805.
Datum přednesení příspěvku: 9. 12. 2006
