Konference: 2006 2. ročník Dny diagnostické, prediktivní a experimentální onkologie
Kategorie: Nádorová biologie/imunologie/genetika a buněčná terapie
Téma: Nádorová genomika a proteomika
Číslo abstraktu: 049
Autoři: doc. Mgr. Jan Bouchal, Ph.D.; Gulisa Turashvili; K. Baumforth; W. Wei; Mgr. Marta Dziechciarková, Ph.D.; doc. MUDr. Marián Hajdúch, Ph.D.; V. Lukáš; O. Bláha; prof. MUDr. Zdeněk Kolář, CSc.
V poslední době se v experimentální praxi stále
ve větší míře uplatňují metody využívající mikročipové expresní
analýzy. Většina expresních analýz v medicínském výzkumu vychází z
bioptických vzorků, které obsahují řadu různých typů buněk.
Majoritní populace buněk, je určující pro celkovou informaci o
genové expresi a znemožňuje tak rozlišení specifické genové exprese
jednotlivých typů buněk. Mezi metody, které umožňují selekci přesně
definovaných populací buněk patří laserová mikrodisekce.
V naší práci bylo analyzováno pomocí laserové mikrodisekce a následně mikročipů celkem deset pacientek, pět s duktálním a pět s lobulárním karcinomem. Nádorová i normální tkáň byla ihned po operaci zmražena v kapalném dusíku. Kryořezy fixované v alkoholu a obarvené hematoxylinem byly mikrodisekovány pomocí přístroje Veritas od firmy Arcturus. Od každé pacientky byly mikrodisekovány tři populace buněk (nádorová, normální duktální a normální lobulární). Celková RNA z asi tisíce buněk byla izolována pomocí RNeasy Micro kitu od firmy Qiagen a kvantifikována pomocí spektrofotometru Nanodrop. Následovala amplifikace a značení pomocí Microarray kitů od firmy Roche. Samotná analýza genové exprese byla provedena na čipech HG-U133 Plus 2.0 od firmy Affymetrix.
Dle interních kontrol byla celková kvalita mikročipových dat dobrá a bylo možné přistoupit ke srovnání genové exprese mezi jednotlivými populacemi buněk i mezi pacientkami navzájem. Nejvýraznější rozdíly byly nalezeny v genech se vztahem k extracelulární matrix, a to jak mezi normálními a nádorovými buňkami, tak mezi duktálními a lobulárními karcinomy. Kromě E-cadherinu byly mezi duktálními a lobulárními karcinomy rozdíly v expresi například u trombospondinu 4 a několika typů kolagenů. Řada genů exprimovaných u epiteliálních duktálních i lobulárních karcinomů je překvapivě „mezenchymálního“ původu. Tato zjištění podporují teorii tzv. epiteliálně-mezenchymální přeměny nádorových buněk. V současné době probíhá validace vybraných výsledků pomocí imunohistochemie a in situ hybridizace.
Práce byla podpořena granty NR 7844-3 a MSM 6198959216
V naší práci bylo analyzováno pomocí laserové mikrodisekce a následně mikročipů celkem deset pacientek, pět s duktálním a pět s lobulárním karcinomem. Nádorová i normální tkáň byla ihned po operaci zmražena v kapalném dusíku. Kryořezy fixované v alkoholu a obarvené hematoxylinem byly mikrodisekovány pomocí přístroje Veritas od firmy Arcturus. Od každé pacientky byly mikrodisekovány tři populace buněk (nádorová, normální duktální a normální lobulární). Celková RNA z asi tisíce buněk byla izolována pomocí RNeasy Micro kitu od firmy Qiagen a kvantifikována pomocí spektrofotometru Nanodrop. Následovala amplifikace a značení pomocí Microarray kitů od firmy Roche. Samotná analýza genové exprese byla provedena na čipech HG-U133 Plus 2.0 od firmy Affymetrix.
Dle interních kontrol byla celková kvalita mikročipových dat dobrá a bylo možné přistoupit ke srovnání genové exprese mezi jednotlivými populacemi buněk i mezi pacientkami navzájem. Nejvýraznější rozdíly byly nalezeny v genech se vztahem k extracelulární matrix, a to jak mezi normálními a nádorovými buňkami, tak mezi duktálními a lobulárními karcinomy. Kromě E-cadherinu byly mezi duktálními a lobulárními karcinomy rozdíly v expresi například u trombospondinu 4 a několika typů kolagenů. Řada genů exprimovaných u epiteliálních duktálních i lobulárních karcinomů je překvapivě „mezenchymálního“ původu. Tato zjištění podporují teorii tzv. epiteliálně-mezenchymální přeměny nádorových buněk. V současné době probíhá validace vybraných výsledků pomocí imunohistochemie a in situ hybridizace.
Práce byla podpořena granty NR 7844-3 a MSM 6198959216
Datum přednesení příspěvku: 9. 12. 2006
