Alterace v genech s nízkou penetrancí u pacientek s karcinomem prsu

Dědičné mutace v hlavních predispozičních genech BRCA1 a BRCA2 se podílejí na vývoji přibližně 5 % karcinomů prsu. Nádorové syndromy, které vznikají u nosiček mutací v těchto genech, jsou charakterizovány vysokým rizikem vzniku karcinomu prsu a/nebo ovaria. Přibližně 1% hereditárních karcinomů prsu způsobují mutace v dalších vysoce penetrantních genech (např. p53, PTEN), které jsou zodpovědné za hereditární syndromy zahrnující typicky i další malignity. Familiární výskyt lze prokázat u 10–15% mammárních karcinomů. V nepřítomnosti hereditární alterace v hlavních predispozičních genech lze v těchto případech uvažovat o mutacích v tzv. genech s nízkou penetrancí (např. ATM, CHEK2, NBS1). Tyto mutace se v populaci vyskytují s vyšší frekvencí, avšak u nosičů je nižší predispozice ke vzniku nádorového onemocnění, než je tomu u hlavních predispozičních genů (zvýšení RR~1,5–3).
U pacientek s hereditárním nebo sporadickým karcinomem prsu jsme studovali význam mutací v genech s nízkou penetrancí se zvláštním zřetelem ke genům angažovaným v reparaci DNA. Studován byl gen ATM a výskyt známých patogenních alterací genu CHEK2 a NBS1.
Mutační analýza genu ATM, provedená pomocí PTT a sekvenování v souboru 161 rizikových pacientek s karcinomem prsu, odhalila přítomnost tří zřejmě patogenních mutací (1,9%) vedoucích ke zkrácení proteinu. Naopak analýza v kohortě 183 kontrolních vzorků neprokázala výskyt žádné patogenní varianty (p = 0,065). Ve dvou případech pacientek s mutací se jednalo o osoby s bilaterálním výskytem karcinomu prsu, u další pacientky byl diagnostikován duktální karcinom prsu ve 37 letech.
Analýza mutace 1100delC genu CHEK2 založená na DHPLC prokázala její výskyt u 1/358 (0,28%) vysoce rizikových osob s karcinomem prsu. Jednalo se o muže s karcinomem prsu a pozitivní rodinnou anamnézou (karcinomy GIT). Analýza 688 vzorků pacientek se sporadickým karcinomem prsu pak identifikovala mutaci 1100delC ve 3 případech (0,44%). U 2 pacientek se v rodině vyskytovali přímí příbuzní s nádorovým onemocněním (karcinom cervixu nebo plic). Karcinomy u všech identifikovaných nosičů mutací byly pozitivní na přítomnost estrogenních i progesteronových receptorů. Populační četnost mutace c.1100delC genu CHEK2 (0,27%) byla stanovena na kontrolním vzorku 730 osob (2/730). Pomocí DHPLC byla provedena i analýza exonu 2 a 3 genu CHEK2 v populaci 323 pacientek se sporadickým výskytem karcinomu prsu, která prokázala přítomnost 10 mutací p.I157T (3,1 %). Tato sekvenční varianta se vyskytla u 15/512 osob kontrolní populace (0,29%). Kromě této alterace byly identifikováni 4 nosiči dalších změn (p. T172A, p.R181C, IVS5+51A > T, IVS4 + 24T > C), nezachycených v kontrolní populaci.
Mutační analýza genu NBS1 (nibrin) byla zaměřená na výskyt mutace c.675del5. Oproti očekávání v 472 vzorcích pacientek se sporadickým karcinomem prsu nebyla mutace nalezena.
Výsledky provedených analýz vypovídají o několika skutečnostech: frekvence alterací ve studovaných genech jsou v ČR nízké a o těch, které mají odlišnou četnost od simultánně studované kontrolní populace nejsou, s výjimkou ATM, dostupné zahraniční studie. Na tomto základě se domníváme, že frekvence a charakter alterací genů s nízkou penetrancí má vysoce regionální závislost a pro jejich identifikaci a praktické uplatnění se často nelze vyhnout analýzám celých genů v rozsáhlých souborech.
Práce byla podpořena Výzkumným záměrem MSM0021620808.