Pracovní skupiny nejsou organizačními sekcemi České onkologické společnosti, ale velmi úzce s ČOS spolupracují. Většinou působí v rámci mezioborové spolupráce pod gescí více odborných společností.
-
Pracovní skupina nutriční péče v onkologii při ČOS
(2010) Cílem skupiny je zlepšit stav výživy onkologických pacientů. Nabízí diagnosticko-terapeutická vodítka.
-
Onkogenetická pracovní skupina ČOS a SLG
(2006 - ukončena činnost k 23.5.2023) Pracuje pod záštitou ČOS a Společnosti lékařské genetiky. Zaměřuje se na genetické testování onkologických pacientů.
-
Česká kooperativní skupina pro nádory hlavy a krku, z.s.
(2017) Mezioborově propojuje odborníky, kteří se zabývají diagnostikou a léčbou nádorů hlavy a krku.
-
Kooperativní skupina pro neuroendokrinní nádory
(2008) Sdružuje lékaře zabývající se diagnostikou a léčbou nebo výzkumem neuroendokrinních nádorů.